Le Tombeau des Lucioles raconte le combat de deux enfants pour survivre dans Kobé bombardée pendant la seconde guerre mondiale.

Seita un adolescent et Setsuko sa jeune soeur, sont livrés à eux-même lorsque leur mère meurt dans un incendie. Ils sont sans nouvelles de leur père qui sert sur un navire militaire.

Bien qu'ayant été recueillis par une parente, ils décident de partir vivre seul suite aux reproches qui leur sont faits sur l'attitude de Seita, qui préfère s'occuper de sa soeur plutôt que travailler et aider à "l'effort de guerre".

Mais la vie n'est pas simple pour deux orphelins, et toutes les attentions de Seita pour sa soeur ne pourront rien contre un destin tragique.